原名葆仁，字堯欽、堯卿，亦作搖清，又字遙仙，號夢飛，湖北夏口(今漢口)人。1898年入湖北武備學堂，與吳祿貞、傅慈祥等友善。1900年自立軍欲起兵，孫被推為岳州司令，后事泄失敗，避走廣東。1904年奔母喪回鄂，加入科學補習所。同年10月科學補習所被封，遂東渡日本，入成城學校習海軍。后因反對日政府頒布取締中國留學生規(guī)則，憤而返鄂。1906年加入日知會，佐劉靜庵辦江漢公學及黨務。1907年1月，因日知會案發(fā)，劉等九人被捕，孫走奉天 (今遼寧)，投吳祿貞，交結(jié)“馬俠”。嗣輾轉(zhuǎn)赴日本，在東京與張伯祥、劉公等發(fā)起組織共進會，被推為軍務部長。1908年入大森軍事講習會，研究野外戰(zhàn)術(shù)及新式炸彈制造。年冬歸鄂，任湖北共進會主盟，并以“中華山”山堂名義聯(lián)絡和統(tǒng)一長江會黨，暗編為五鎮(zhèn)，在新軍中迅速發(fā)展會員。1909年秋，應邀赴廣西助兩廣共進會首領熊越山謀在嶺南發(fā)難，事敗走香港，加入同盟會。1910年返鄂，重振共進會，組織秘密機關(guān)多處。1911年春，廣州黃花崗起義失敗，乃力主在武漢舉義，并與劉公等積極推動共進會與文學社的聯(lián)合，籌劃起義，被推舉為起義總指揮部參謀長。10月9日在漢口寶善里機關(guān)裝配炸彈時失事，負傷入院，機關(guān)被俄國巡捕破壞，乃力主即時起義，免坐以待斃，并囑楊玉如赴京山聯(lián)絡劉英謀響應。武昌起義后，任湖北軍政府軍務部長，與副部長蔣翊武、張振武并稱“湖北三武”。陽夏戰(zhàn)爭，黃興出任戰(zhàn)時總司令，孫心存不滿，多所掣肘。及漢陽失守，勸都督黎元洪避走城外，他躬巡街衢，武昌賴以稍安。未幾停戰(zhàn)議和，孫以民軍代表、首義功臣名義赴滬活動，意謀得南京臨時政府陸軍部次長職，為黃興所阻，更心懷恚望。遂糾合失意黨人、舊官僚、立憲派等在上海組成“民社”，擁黎元洪為社長，自攬社務，并任武漢分社社長，創(chuàng)辦《民聲日報》，與南京臨時政府和同盟會公開抗衡，背離革命初衷，傲視患難戰(zhàn)友，引起同志憤慨，導致1912年2月27日夜群英會倒孫事件發(fā)生。孫不愿同室操戈，自行引退。黎元洪乘機照準孫武辭職，委以鄂都督府高等顧問，薦為北京總統(tǒng)府高等顧問等虛職。10月，袁世凱授以勛二位、陸軍中將加上將銜，后授義威將軍。1915年12月任參政院參政。蕭耀南督鄂，委孫任漢口地畝清查督辦，蕭死去職。1926年后隱居北京。1939年在北京逝世。1981年遷葬武昌伏虎山。著有《武昌革命真相》、《漢口市政建筑計畫書》等，尚有論文遺稿多篇未刊。